新生儿肾积水需根据病因对症处理，如果是由于输尿管阻塞所导致，首先要解除梗阻，必要时实行手术将输尿管狭窄的一段切除，随后连接，有利于输尿管保持通畅；对于不能进行手术的患儿，可放置“T”管或支架管。倘若是由于尿液逆流所导致，则需在医生的指导下使用抗生素和利尿剂等药进行治疗，常见的有阿莫西林、左氧氟沙星和呋塞米等，在此期间要注意孩子私处卫生，保持尿道口清洁。