不同部位的囊肿治疗方式不同，例如单纯性肾囊肿没有出现症状的患者，可以无需进行治疗，随访观察即可，如果患者出现压迫症状，可以通过抽吸液体且注射硬化剂治疗；寄生虫导致的肝囊肿可以通过服用苯丙硫咪唑、吡喹酮片剂等药物进行治疗；卵巢内膜样囊肿可以服用短效避孕药治疗，炎症性卵巢囊肿可以使用抗生素以及活血化瘀的中药治疗；巧克力囊肿的患者可以服用非甾体类抗炎药、激素类药物干预。