长期服用二甲双胍首先容易对患者的肝肾造成一定的损伤，糖尿病患者的肾功能本就存在一定的损伤，而二甲双胍需要通过人体的肝肾细胞进行代谢，因此长期服用可能会影响肝肾功能，通常建议患者定期复查肝肾功能。由于二甲双胍具有一定的刺激性，因此长期服用还容易导致恶心、呕吐、腹泻等消化道症状。二甲双胍还可以抑制人体对维生素B12的吸收，因此长期服用可能会导致巨幼细胞性贫血。