做支气管镜检查是会有一定痛苦的，它是将支气管镜从鼻腔或口腔插入，进入到口咽部、气管，然后到支气管内，一般在气管镜经声门时患者会有不适感，有呛水或是难以呼吸的感觉。支气管镜检查也是一种有创操作，若是操作不当容易引起出血、气道损伤的情况，这时患者也会伴有疼痛感。若是感觉不能忍受疼痛的，可以做无痛支气管镜检查，是在麻醉下进行的，在操作过程中患者不会有不适感。