菠萝蛋白酶具有助消化以及抗炎等功效。研究显示在医药方面，具有抑制肿瘤细胞的生长、防治心血管疾病、消炎、增进药物吸收等作用，并且对烧伤、脱痂有一定帮助。另外，还具有美白祛斑、嫩肤以及促进皮肤新陈代谢的作用。临床还可以用来治疗支气管炎、急性肺炎、乳腺炎、支气管哮喘、视网膜炎以及关节周围炎等。注意有严重肝肾疾病、胃溃疡以及血液凝固功能不好的人群忌用。