胎儿脑积水的病因有很多，主要分为1.先天性脑积水，如小脑扁桃体下疝畸形、脑导水管畸形、第四脑室正中孔先天性闭锁、软骨发育不全、脊柱裂、小脑回畸形等。2.后天性脑积水，主要是由于婴儿在母体内发生病毒、细菌、真菌性的颅内感染；此外各种原因引起的蛛网膜下腔出血也会导致脑积水。这些疾病会导致蛛网膜下腔的粘连性梗阻，造成CSF循环障碍，从而出现脑积水的情况。