怀孕三个月小腹疼痛可能是由于平时不良的生活习惯或者受到刺激等，导致出现先兆流产的情况。也可能是由于平时走路较多，发生性生活，干重体力活，过度的疲劳等导致子宫平滑肌发生收缩，引发小腹疼痛的症状。当孕妇患有肠炎等胃肠道疾病也会引起小腹疼痛的情况。另外，如果孕妇出现膀胱炎，输尿管结石等泌尿系统疾病，也会使小腹出现疼痛。建议患者及时去医院进行相关检查，并进行治疗。