对于恶性畸胎瘤巨大或是浸润广泛的患者，恶性畸胎瘤的治疗方法通常是先采用化疗或是放疗，待肿瘤变小后在择期选择手术进行根治，针对这种病例，此法可以提高手术根除的成功率，最大可能的保留患者的重要脏器，术后再次配合进行化疗治疗，可以有效地防止后期出现细胞扩散。对于卵巢恶性畸胎瘤的治疗，手术则无法保证彻底的清除，有复发的可能，所以术后仍要定期复查。