巧克力囊肿可以治愈，患者越早就医治疗治愈的几率越高。1、药物治疗，患者可以在医生指导下应用激素类药物，来抑制患者卵巢功能，从而达到阻止病情发展的功效。2、手术治疗，如果药物治疗效果不佳、囊肿体积较大，可以考虑进行手术治疗，例如根治性手术、保留卵巢功能手术等。治疗期间如果出现腹痛症状，可以继续局部热敷缓解，其次患者也需要定期到医院复查，防止出现复发的现象。