怀孕四十天是可以做药物流产的，药物流产适合怀孕天数在49天内，并且是宫内妊娠的女性。药物流产主要是服用米非司酮片和米索前列醇，米非司酮片可以让子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化；米索前列醇可以让子宫兴奋、子宫收缩，让胚胎排出体外。其次药物流产前需要做B超检查，明确妊娠囊是否在宫腔内，也需要询问在近三个月内是否有接受过糖皮质激素治疗、身体是否有慢性疾病。在完全符合药物流产指标后，才可以进行药物流产。