肛周尖锐湿疣可以使用药物进行治疗，常用的药物有0.5%鬼臼毒素酊、5%咪喹莫特霜、二氯醋酸等，这些药物具有一定的刺激性，可以清除局部的病损组织，但是药物具有一定的刺激性，如果出现异常不适的症状，需要及时停药。还可以通过激光治疗，临床常用的为CO2激光，可以烧灼病变的部位，但是部分大面积的患者，可能需要2～3次治疗。此外可以通过光动力学疗法治疗，清除肉眼可见的疣体，而且可以清除潜伏感染的组织。