新生儿吃益生菌有可能会拉肚子，如果宝宝对益生菌过敏或服用过量益生菌可能会导致腹泻，另外服用刚从冰箱内拿出来的益生菌，也可能会导致拉肚子。如果遵医嘱用益生菌治疗，是不会导致腹泻的。另外正确服用益生菌能够有增强机体抵抗力、调节肠道菌群、促进营养物质吸收、缓解肠道炎症等功效。建议出现消化不良、腹泻、免疫力低下、便秘的人群可以用益生菌治疗。