怀孕三个月腰疼的厉害考虑是子宫增大，体重增加，导致腰背部肌肉劳损引起的；第二，也可能是体内缺乏钙质引起的；第三，也可能是怀孕后体内雌激素、孕激素分泌旺盛，盆腔充血引起的；第四，也可能是孕妇久站久坐、或本身患有腰椎间盘突出等因素引起的；第五，如若孕妇伴随腹痛等症状，不能排除是先兆流产引起的。孕妇出现腰疼的症状，可以通过热敷，适当活动腰部改善症状。孕妇应定期产检，确保胎儿正常发育。