孩子发烧到40度有可能会影响脑部发育，孩子的中枢神经系统没有发育完善，长时间高热可能会引起高热惊厥，有的患儿会出现大脑缺氧，可能会损伤脑细胞，有少部分患儿发作后可能会导致神经系统异常，出现运动障碍，甚至瘫痪的症状，如果发烧40度是脑部感染导致的，例如脑膜炎、脑炎等，不及时治疗可能会留下后遗症，例如智力减退、听力障碍、瘫痪、癫痫、发育迟缓等。