咽峡炎的发生可能是细菌感染引起的，常见病菌有链球菌、葡萄球菌等。病毒感染也会引起咽峡炎的发生，其中以柯萨奇病毒和腺病毒常见，注意可以通过飞沫和亲密接触进行传染。另外，当机体抵抗力下降的时候，如身体过度疲劳时，缺乏营养，或是精神压力过大时，或是患有肠道疾病、龋病、恶病质等情况，也有有可能诱发咽峡炎的发生。咽峡炎是有自限性的，一般1-2周可以得到好转，可不做特殊处理的。