霉菌性阴道炎的病因主要是假丝酵母菌侵犯阴道引起的现象，假丝酵母菌多存在于阴道内，当人体免疫力下降时便会侵犯组织，引起炎症反应；有的女性长期使用广谱抗生素时也会引起霉菌性阴道炎的发生。女性在妊娠时，体内的假丝酵母菌也容易出现，在孕晚期时患有霉菌性阴道炎几率较高。其次糖尿病、免疫系统受损伴有HIV感染者也更容易患有霉菌性阴道炎。