囊肿的形成原因与囊肿的类型有关。如果是多发性脂囊瘤、毛根鞘囊肿、甲状腺舌骨导管囊肿等，则是由于遗传所致。如果是皮下囊肿，则考虑是由于皮脂腺分泌物排除不畅所致的。如果是巧克力囊肿，则考虑是由于子宫内膜异位症所致，与激素的水平变化有关。如果是宫颈囊肿，则一般是由于炎症的慢性刺激所致，常见于流产或手术损伤子宫颈等。如果是关节囊肿，则是由于劳损过度、外伤等因素导致。