生化妊娠的具体病因尚不明确，有可能受到年龄增长、子宫内膜状态、免疫状态以及胚胎质量等因素的影响，女性患有多囊卵巢综合征、糖尿病、甲状腺功能亢进、黄体功能不全等疾病时，会增加生化妊娠的可能性，还有女性心理状态不稳定，过于紧张、焦虑、情绪抑郁也容易诱发生化妊娠。伴侣出现精子质量下降以及染色体异常的症状时，也会导致女性出现生化妊娠。女性应尽量避免高龄妊娠，同时怀孕前三个月需要服用叶酸片来预防。