三个月的宝宝便秘可能是胃肠道菌群失调引起的，可以使用双歧杆菌、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等益生菌类药物调理胃肠道菌群促进排便。家属可以多喂宝宝喝水，可以顺时针按摩其小腹促进胃肠道的蠕动，促进排便。如果便秘严重，可以使用开塞露治疗，但是不建议频繁的使用这种药物。家属平时需让宝宝保持规律的饮食习惯，要注意其小腹的保暖。因为宝宝年纪比较小，胃肠道功能没有彻底发育完善，所以容易便秘。