患者在进行肛周脓肿手术时，多数病人都会出现疼痛的现象。一般在进行局部麻醉时，也会出现明显的疼痛。因为肛肠脓肿好发于齿状线的下方，由于脓肿的不断增大，此时疼痛的症状也会逐渐加重。另外一方面，患者可以选择硬膜外麻醉或者骶管麻醉，这种方式麻醉，疼痛会稍微有所缓解，但是等到麻醉功效逐渐消失后，患者也会逐渐出现疼痛。一般难以忍受的患者，医生会给予一定的止痛药进行缓解。