有些患者吃奥美拉唑可能会出现口干、恶心呕吐、腹泻、腹胀等症状，也有部分患者的谷丙转氨酶和谷草转氨酶会轻度升高，这些症状一般在停药后会减轻，也不会影响治疗。也可能会出现头晕、嗜睡、失眠等精神系统反应，长期服用还可能会导致维生素B12缺乏，引起内分泌系统改变。还会有过敏反应，如皮疹、荨麻疹等，所以对奥美拉唑过敏者禁用。除此之外，还可能会导致男性乳房发育。