耳朵真菌感染能否自愈要根据患者的病情情况决定。如果患者真菌感染症状较轻，患者通过饮食、运动等方面进行调理，部分患者是可以自愈的；但如果患者真菌感染症状较重，一般不能自愈，患者需要及时去医院进行抗真菌的治疗，可以在医生的指导下使用伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等药物进行治疗，配合使用盐酸布替萘芬搽剂等药物进行外用治疗，可以改善患者瘙痒等不适的症状。