导致阴茎短小的原因有很多：一，遗传因素。男性阴茎和身体其他器官一样，大小和形态都受遗传基因的影响。二，发育与营养情况。如果身体营养不良，发育受到影响，不仅会出现身材矮小的情况，还会出现阴茎短小的情况。三，疾病。如果患有睾丸炎、睾丸发育不全等疾病导致雄激素分泌不足，就会造成阴茎短效。四，肥胖。肥胖的人群一般阴茎发育情况比较差，会比正常男性的阴茎短小。