生殖器疱疹无法彻底治愈，治疗一般以控制症状防止复发为主，疗程一般为7-10天。可以按照生殖器疱疹的症状选择治疗方式，若无症状或单纯疱疹病毒感染无需药物治疗。有症状者的治疗主要是系统性抗病毒治疗和治疗合并感染。初发生殖器疱症常用药物有阿昔洛韦、泛昔洛韦、口服7-10日。复发性的生殖疱症发作时可采用抗病毒治疗，最好在出现前驱症状或24小时之内开始用药，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等药物进行口服。若继发细菌或真菌感染，可加用抗生素或抗真菌外用制剂。