巧克力囊肿手术后是否能够恢复正常和病情的严重程度以及手术过程中对于卵巢的损伤有一定的关系，一旦发生巧克力囊肿以后就容易导致盆腔粘连，这样也会给手术带来一定的难度，囊肿的大小和粘连的情况都会给手术带来不同的结果，所以具体预后还需要根据病情才能判断。如果手术过程中对于卵巢的损伤比较小，卵巢并没有破裂很多，巧克力囊肿手术后卵巢还是可以恢复正常的。需要注意的是，如果是对生育有要求的女性，最好是在医生的指导下先进行保守治疗，以免影响怀孕。