肛瘘反复发作的原因有很多。首先，可能是由于患者在术后没有注意调节饮食，经常食用辛辣刺激的食物，并且经常饮酒所致。而患者经常食用烟熏、油炸的食物，会引发便秘的情况，从而导致肛瘘复发。其次，可能是由于患者术后没有及时的更换药物，导致发生感染，出现脓肿所致。另外，如果患者在术后长时间的蹲着或者坐立，以及经常出现便秘、腹泻等情况，也都容易引发肛瘘反复发作。