三个月宝宝大便绿色的原因有以下几方面：第一，可能是宝宝最近受凉或者有消化不良的情况时，会导致大便偏绿色。第二，可能是胃肠道功能低下或者肠道微生态系统异常。第三，也可能是感染引起，比如肠道病毒感染或者细菌感染，均会使肠粘膜受损，从而导致消化吸收功能变差，此时会导致大便颜色偏绿。无论哪种原因，建议家长及时带宝宝去医院进行检查治疗。