ERCP主要针对胆道和胰腺疾病的患者。通常比较常见的就是胆总管结石的患者，另外还包括胆管瘤、胆管狭窄、肝管梗阻、胆管癌、胰腺假性囊肿的引流、十二指肠乳头癌、化脓性胆管炎以及慢性胰腺炎的内镜等。主要的禁忌症包括上消化道狭窄、上消化道梗阻、心肺功能不全、慢性胰腺炎急性发作期、有胆管狭窄或梗阻、非结石嵌顿性急性胰腺炎等。ERCP的术后患者需要遵医嘱应用抗生素，避免患者感染。