萎缩性胃炎该治疗以消除病因，治疗原发疾病和创伤，纠正病理生理紊乱，增强胃黏膜防御功能，促进胃黏膜修复，预防胆汁反流，改善和预防胃癌的发生，以药物治疗为主。幽门螺杆菌感染者，可以使用阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、替硝唑、左氧氟沙星等，对幽门螺杆菌起到抑制的作用，增强抗菌药的杀菌活性。当出现反酸、腹痛时，需要给予抑酸抗酸治疗。胃黏膜屏障受到损害时，需要使用胃粘膜保护剂，可以增强胃黏膜的防御功能。