鼻咽喉镜检查不会痛苦，因为在进行鼻咽喉镜检查之前，需要在鼻腔、口腔喷麻药或者放棉片麻醉，从而降低鼻腔咽喉部位的粘膜敏感程度，使患者不会感到明显的疼痛。部分鼻炎或鼻中隔偏曲的患者，鼻腔会比较狭窄，进行检查时可能会导致鼻腔粘膜受损，出现轻微的疼痛。其次，咽喉炎比较严重的患者，在喷麻药的时候也可能会出现一些不适的症状，但是这些不适症状都在可承受范围之内。