临床上大部分儿童发生的肠套叠是原发性的、原因不明的肠套叠，可能与患儿肠道的不规则蠕动有关。肠道蠕动正常是呈波浪状，当局部发生异常蠕动后，该段肠管可能会进入周围肠管内形成肠套叠。少部分患儿可能是因为致病菌感染、寄生虫、肠道生长发育畸形、肠息肉等因素诱发的肠套叠。除此之外，还有部分肠道疾病如果没有及时治愈，也可能继发肠套叠的症状。