怀孕39天一般不建议做人流手术。怀孕39天孕囊比较小，一般不能确定是宫内孕，建议采取药物流产。一般情况下选择米非司酮与米索前列醇进行药物流产，在流产后配合服用益母草颗粒或五加生化颗粒。在怀孕49天内一般选择药物流产，人工流产在怀孕45天-70天进行，在做流产之前要首先确定是宫内怀孕。流产手术对女性的身体伤害较大，建议没有生育计划在同房时使用避孕套。