母乳性腹泻与乳糖不耐受的区别主要在于，引起腹泻的机制不同。母乳性腹泻是由于母乳含有的前列素较高引起的胃肠道平滑肌收缩。乳糖不耐受是指患儿对母乳或者配方奶中的蛋白质、乳糖等营养物质，不能耐受消化吸收，引起的腹泻症状。所以母乳性腹泻可以包含乳糖不耐受引起的腹泻。出现这种情况一般是由于胎儿体内缺乏乳糖酶所致，可以通过改善饮食、更换配方奶粉、补充乳糖酶或者进行脱敏治疗缓解腹泻症状。