小儿灌肠的危害有：一、孩子的肠壁比较薄弱，如果灌肠，则很容易使肠道的粘膜出现损伤，引起出血的现象。严重的情况会导致肠穿孔。二、临床上用于灌肠的药物比较少，通常使用的是激素类和抗生素，药物方面的改变会使孩子出现过敏以及耐药性。三、灌肠的时候会使孩子肠道内的菌群失调，很容易出现感染，严重的情况下还会导致孩子出现电解质紊乱。四、灌肠的要会通过直肠壁直接吸收，效果较差，所以需要使用两倍的用药量，副作用会比较大。