若是患有肛周脓肿、直肠肛门损伤、肛裂反复感染的情况，容易引起肛瘘的发生。肛瘘的形成还与结核病、溃疡性大肠炎、直肠癌、肛管癌、克罗恩病等疾病有关。如果有做过会阴部的手术或是尿道手术、前列腺手术，术后有感染的情况出现，这时也会增加患肛瘘的几率。另外，肛瘘的发生还有可能是糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等疾病引起血行感染导致的，或是乙状结肠憩室炎、淋巴肉芽肿等疾病导致。