甲硝唑常引起使用者出现消化道不适症状，例如恶心、呕吐、腹痛、食欲不振等，通常停止用药后可以自行缓解，无需特殊处理；部分使用者会出现神经系统症状，比如头痛、眩晕、感觉异常、肢体麻木等，严重的可能诱发多发性神经炎；对甲硝唑过敏的患者容易出现皮肤瘙痒、腹泻、皮疹、面色潮红等症状；另外静脉滴注甲硝唑时，可能使患者静脉出现疼痛、酸胀等症状，患者可以减慢滴注的时间缓解出现的症状。