生酮减肥法的弊端是由于进食的碳水化合物过少或者长期不进食碳水化合物，对于女性可能影响月经来潮，导致月经时间不规律、月经量减少，严重情况下甚至可以导致闭经。生酮减肥法减肥平台期如果不能保持原来的饮食方式摄入碳水化合物，体重可能会反弹、复胖。生酮减肥法由于脂肪代谢过程中产生大量酮体，可能对肾脏产生影响，酮体生成得过多无法完全代谢引起酮症。