如果正处于扁桃体结石的早期，可以通过漱口来促进其排出，也可以用棉签将结石刮出，有条件的患者可以定期使用口腔清洗器进行口腔清洁。如果扁桃体结石的位置较深或者不能用棉签将其取出，则要入院进行手术治疗，结石体积较大的患者可以通过扁桃体切除术来去除结石，其可以避免疾病复发。治疗后还应养成早晚漱口以及规律的刷牙的习惯，饭后用温盐水进行漱口，清除口腔的细菌。