黄水样便是否可以做肠镜，需要根据具体的情况来判断。如果患者只是单纯的黄水，没有出现粪渣，是可以做肠镜检查的。而如果黄水中出现粪渣，是不建议做肠镜检查的，可能会影响镜下观察的视野，从而出现误诊或者是漏诊的情况，所以最好还是排泄物呈清水样再做肠镜检查。在检查的过程中，患者可能会出现轻微的恶心、呕吐等不适症状，但是不需要担心，在检查后会自行恢复正常。