六味地黄丸目前没有什么明显的副作用，临床应用较为安全，其副作用大多数与药不对症有着很大的关系。例如平时就有胃肠道症状、脾胃不好的人群服用六味地黄丸之后，就会出现加重脾胃运化功能异常、损伤脾胃阳气的副作用，进而出现反酸、腹胀、胃痛、胃胀、嗳气以及大便溏稀等消化不良的症状，严重时还会导致恶心、呕吐，因此，建议最好是能够在专业医生的指导下，合理规范的应用本品较为安全一些。