小儿秋季腹泻可以在医生的指导下服用止泻的药物来治疗，比如：蒙脱石散等等。也可以服用益生菌来调理肠道，比如：双歧杆菌等等。此外，需要口服补液盐，来防止宝宝出现脱水的症状。平时要注意宝宝的饮食卫生，不要吃不干净的、辛辣的、寒凉的食物，防止腹泻加重。可以适当增加饮水量或者是多吃一些蔬菜以及水果，来提高身体的抵抗力。平时不要让孩子去人群密集的地方。