雷公藤多苷片较为明显的副作用是消化道反应，患者出现恶心、呕吐、食欲减退、腹泻、消化道出血等症状，为了减轻消化道的反应，该药多在饭后服用。雷公藤多苷片有生殖毒性，男性在服用该药之后会出现精子活力下降、数量减少，女性则会出现闭经、月经紊乱等情况，在停药之后会逐渐恢复。除此之外雷公藤还会影响心脏、肝、肾和血液系统，因此在用药期间还要监测心电图、尿常规、血常规等，可能并发皮疹、贫血等症状。