孕囊小于1cm这时候是可以采用药物流产终止妊娠的，药物流产一般针对于停经49天的胚胎，如果b超已经检查出宫内有孕囊，则可以确诊是宫内妊娠，建议最好去正规医院妇产科就诊，做药物流产前，积极地配合医生进行常规的化验检查，比如白带常规、血常规以及艾滋梅毒的检测，检查没有异常的情况下，才可以进行药物流产。流产后注意观察出血量，并且注意做好个人卫生护理，以免发生感染的现象。