临床上，针对不同类型以及不同阶段的甲状腺炎，使用的药物也有所差异，当患者处于甲状腺毒性阶段时，医生会给予β受体阻滞剂类的药物，例如普萘洛尔；甲状腺功能减退阶段时医生会给予左甲状腺素进行治疗，恢复机体甲状腺水平；当患者出现疼痛时，症状较轻的患者医生会给予非甾体消炎药，较重的患者可服用泼尼松。另外，病情的严重程度的不同采取的治疗措施也各不相同，例如亚急性甲状腺炎具有一定的自限性，进行动态观察即可。一般治疗甲状腺主要以药物治疗为主，当影响患者呼吸时则需要进行手术治疗。