做牙根囊肿手术是存在危险性的，但危险并不大，主要包括局部的损害和术后感染等风险。1.牙根囊肿有可能会造成相对应牙齿和临近牙齿出现牙髓坏死，最后会导致牙齿变色或牙齿脆性变大的情况。2.还有可能在术后发生继发性感染，严重时引起间质感染。由于牙根囊肿属于良性手术，相较于恶性手术会大大的降低危险发生率。建议在术后进行清淡饮食，做好口腔的清洁，避免发生感染。