患有肛窦炎的情况下，可以通过以下几种方式进行治疗：1、及时进行病菌培养，选择头孢、替硝唑等抗生素进行治疗，有利于抑制病菌繁殖，促进炎症消退。2、患者可以选用淡盐水或者是中药，有利于促进肛门部位血液循环，有利于改善局部肿胀、疼痛的症状。3、如果局部出现化脓，且形成隐形瘘管，可以选择肛窦切开引流术进行治疗。手术后要在医生的指导下换药，有利于病情恢复。