怀孕三周可以进行药物流产，但是一般不会建议孕妇直接用药流产。因为进行药物流产前必须要做B超确定是宫内的妊娠，而做B超最早的时间也在停经35天左右，所以建议孕妇在停经三十五天之后去医院做阴式B超明确孕囊的位置。药物流产适用于妊娠49天以内的孕妇，如果超过49天或者是孕囊比较大，则建议选择人工流产。药物流产容易有宫内组织的残留，所以在药流十天之后要及时去医院复查。