肛瘘首先考虑进行手术治疗，可以有效祛除病灶、通畅引流、维持肛肠功能，例如肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切开术等。也可以在间歇期或者发作期配合使用高锰酸钾洗液来保持肛周清洁卫生，如果肛周出现流脓、红肿等炎症症状，还能外用抗菌软膏、红霉素等抗生素等来进行外用治疗。治疗肛瘘还要注意生活习惯的调整，避免久坐久站、避免过于劳累、避免熬夜、以及辛辣刺激性饮食。