宝宝吃头孢克肟颗粒的副作用主要常见于胃肠道不良反应，如腹痛、腹泻、大便次数增多、恶心呕吐、消化不良等。这是因为头孢克肟除了会杀伤革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌以外，对于人体正常的细胞也具有一定的杀灭作用。少数患儿服用头孢克肟颗粒后还可出现皮疹、荨麻疹，造成皮肤瘙痒、呼吸困难、头晕、头痛、体温升高等症状，此外长期服用头孢克肟会造成肝功能和肾功能的损伤。