如果肛门疼痛是细菌感染刺激引起的，可以使用抗生素软膏涂抹治疗。如果这是痔疮刺激引起的，可以使用痔疮膏涂抹治疗。如果存在肛周脓肿，可能需通过切开引流，通过口服抗生素或者静脉输入抗生素的方法治疗。因为造成肛门疼痛的原因不一样，所以可以使用的药物也不一样。您平时需保持良好的饮食习惯，可以多吃含有膳食纤维的食物，顺时针按摩小腹促进胃肠道的蠕动，达到防治便秘的效果，以免肛门疼痛再次出现的效果。